地理位置的区别、建站规模的区别、开行路线的区别
地理位置的区别：温州站位于温州市鹿城区温州大道是浙江金温铁道开发有限公司直属的“金温铁路”上的一等客运站温州南站位于浙江省温州市瓯海区瓯海大道，为隶属于中国铁路上海局集团有限公司宁波车务段的客运一等站
建站规模的区别：温州站车站占地面积15万平方米，主站房建筑面积3.6万平方米 ，拥有近6.5万平方米的站前广场温州南站总用地面积190368平方米，其中站房面积71209平方米，第一候车室面积为1.1万平方米，第二候车室占地约4200平方米（2016年5月数据）温州南站拥有天桥1座，地道1座，其中天桥宽15米，采用通透式玻璃墙和顶棚；雨棚采用无柱雨棚
开行路线的区别温州站：1998年6月开站以来，每日开行从温州到成都东站、哈尔滨、北京、广州、汉口、贵阳站、南昌、南京站、阜阳、镇江、亳州、上海、杭州、金华等地16对列车，2016年5月16日起，温州火车站新开通一对温州至青岛的快速旅客列车温州南站：截至2018年12月，温州南站站台规模为4台10线，途经线路为甬台温铁路、温福铁路和金温铁路
